Calendario delle lezioni - A.A. 2008-2009

Data Aula Inizio Fine Argomento
Gio 5 Marzo V8 10.30 13.30 Introduzione al corso. Elementi di Informatica: stringhe e grafi; la nozione di algoritmo e le strutture di controllo fondamentali (sequenza, selezione, iterazione).
Mar 10 Marzo 109 13.30 16.30 Elementi di Informatica: complessità in tempo di algoritmi; le espressioni asintotiche; le classi P, NP e i problemi NP-completi. Introduzione alla Systems Biology: il concetto di sistema e i livelli di complessita' biologica.
Gio 12 Marzo V8 10.30 13.30 Systems Biology: riduzionismo e olismo; misurazione dei dati e campi di applicazione.
Mar 17 Marzo 109 13.30 16.30 Systems Biology: struttura e dinamica dei sistemi biologici, metodi di controllo e di progettazione. Un esempio di sistema biologico sintetico: il Repressilator.
Gio 19 Marzo V8 10.30 13.30 Ricerca hypothesis-driven. Metodo per costruzione di modelli. SBML. Systems Biology e progettazione di farmaci.
Mar 24 Marzo 109 13.30 16.30 Approcci matematici per la modellazione di sistemi biologici: metodi deterministici e stocastici. I metodi di Eulero e Runge-Kutta per l'integrazione numerica di ODE. Il rumore biologico.
Gio 26 Marzo V8 10.30 13.30 Modelli stocastici discreti. Bistabilità (modello di Schlogl) e stiffness. Il modello booleano. Lavoro di gruppo in aula: definizione di un modello per metapopolazioni.
Gio 2 Aprile V8 10.30 13.30 Lavoro di gruppo in aula: definizione di un modello per metapopolazioni - conclusione e discussione. L'algoritmo di simulazione stocastica di Gillespie: funzione di propensità, collisioni molecolari e costanti stocastiche.
Gio 16 Aprile V8 10.30 13.30 L'algoritmo di simulazione stocastica di Gillespie.
Mar 21 Aprile 109 13.30 16.30 Problemi di ottimizzazione combinatoria: local search e simulated annealing. Algoritmi genetici.
Gio 23 Aprile V8 10.30 13.30 Il concetto di robustezza nei sistemi biologici. Esempio: la chemiotassi batterica.
Mar 28 Aprile 109 13.30 16.30 Particle swarm optimization e parameter estimation.
Gio 30 Aprile V8 10.30 13.30 Esempio di sistema robusto: il cancro. Cenni di teoria delle biforcazioni.
Mar 5 Maggio 109 13.30 16.30 Microarray e analisi di dati di espressione genica. Algoritmi di clustering: clustering gerarchico, K-means. Scale-free networks.
Mer 13 Maggio Aula di calcolo 13.30 17.30 Cellware
Gio 15 Maggio Aula di calcolo 10.30 12.30 Cellware